芹菜生长过程中，常因病菌侵染、植株缺素等出现黑心腐烂等症状，应有针对性地采取措施加以防治。
一、黑腐病
种子处理：用48℃温水浸20～30分钟移入冷水中冷却，捞出晾干再播种。
农业防治：选用抗病品种；实行2～3年轮作，最好水旱轮作；合理安排栽植密度，防止茎叶郁闭；雨季遇雨及时排水，大棚内要防止雨水流入棚内，浇水切忌大水漫灌；栽培过程中及时摘除病叶、病株，收获后立即彻底清理病残体。
药剂防治：发病初期，可选用50％甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液，或77％氢氧化铜可湿性粉剂500倍液、50％多菌灵可湿性粉剂600倍液、50％苯菌灵可湿性粉剂1500倍液、30％氧氯化铜悬浮剂800倍液、30％碱式硫酸铜悬浮剂400倍液、40％百菌清悬浮剂600倍液等喷雾防治，每7～9天1次，连喷2～3次。施药时应注意将药液喷在植株基部。
二、软腐病
防治方法：（1）农业防治：实行两年以上的轮作；在定植、中耕、除草等各种操作过程中，应避免伤根或使植株造成伤口。定植不宜过深，培土不应过高，以免叶柄埋入土中；雨后及时排水；发现病株及时清除，并撒入石灰等消毒；发病期减少或停止浇水，防止大水漫灌。（2）药剂防治。发病初期就开始喷洒72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂或新植霉素3000～4000倍液或14%络氨铜水剂350倍液或50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500～600倍液，每7～10天喷1次，连续喷3～5次。
三、缺钙
芹菜缺钙呈褐色干腐状，略有酸味。
防治方法：（1）控制肥料用量，尤其是盐碱土壤要严格控制氮、钾肥的用量，以防耕层土壤的盐分浓度提高，抑制钙的吸收。（2）要及时灌溉，防止土壤干旱。（3）叶面喷钙：植物缺钙时由于土壤溶液浓度高，土壤施用钙肥常常无效，可选用0.3%～0.5%的氯化钙或硝酸钙溶液叶面喷施，一般每隔7天一次，连用2～3次可见效。（4）对于供钙不足的酸性土壤可施用含钙肥料如石膏或施用石灰。
四、缺硼
芹菜缺硼会造成茎秆和叶柄开裂，细菌由此侵入，使芹菜心叶变黑腐烂。
防治方法：每亩可施用硼砂1千克，以补充硼元素的不足；发现缺硼症状后，可用0.1%～0.3%的硼砂水溶液进行叶面喷雾。
